"Program studi Doktor Program Studi Mikrobiologi (PS S3 MIK) Departemen Biologi FMIPA Institut Pertanian Bogor, diselenggarakan mulai tahun 2007. Pada tahun 1993-2007 penyelenggaraan PS S3 MIK tergabung dalam PS Biologi, Departemen Biologi, FMIPA, IPB.Tahun 2007 melalui SK Rektor No 027/K13/PP/2007 menjadi Program Studi Doktor Mikrobiologi di departemen Biologi. PS S3 MIK merupakan satu-satunya Program Doktor Mikrobiologi di Indonesia. PS S3 MIK didirikan sebagai wadah untuk menciptakan doktor di bidang Mikrobiologi yang mampu menjawab tantangan dan isu strategis melalui pengelolaan biodiversitas mikroorganisme indigenus. Penciptaan invensi dan inovasi melalui pemanfaatan ilmu dan teknologi di bidang mikrobiologi difasilitasi secara penuh termasuk kolaborasi transdisiplin guna memberikan telaah komprehensif yang bermanfaat di bidang pertanian, kesehatan, industri, dan lingkungan yang regeneratif dan berkelanjutan. "

Pada tahun 2022 menjadi pusat unggulan dalam pendidikan Program Doktor (S3) Mikrobiologi Tropika yang unggul dalam penelitian, pengembangan ilmu dasar mikrobiologi tropika, biodiversitas dan bioteknologi, untuk pembangunan agribisnis dan bioindustri yang ramah lingkungan

"Untuk mewujudkan visi keilmuan tersebut, PS S3 MIK menetapkan Misi yaitu: 1) Menyelenggarakan Pendidikan Doktor bidang mikrobiologi untuk menghasilkan lulusan yang berkualitas tinggi dan mampu berperan dalam pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi serta berperan aktif dalam pembangunan nasional. 2) Mengembangkan pengetahuan dasar mikrobiologi sebagai landasan dalam pengelolaan keanekaragaman mikroorganisme dan penerapan bioteknologi yang menunjang bidang pertanian, industri, kesehatan, dan lingkungan. 3) Berperan dalam pembangunan pertanian, industri yang berdasarkan pada pengelolaan dan pemanfaatan sumberdaya alam sebesar-besarnya secara berkelanjutan untuk kesejahteraan bangsa Indonesia khususnya dan manusia pada umumnya. "

Tujuan PS S3 MIK yaitu menghasilkan lulusan doktor yang memiliki kemampuan : 1) Berpikir logis dan sistematis untuk analisis dan sintesis serta komunikasinya dalam menyiapkan, menangani, mengelola, dan menyajikan beberapa alternatif solusi terhadap permasalahan di bidang mikrobiologi pertanian tropika, kesehatan, bioindustri, serta pengelolaan biodiversitas dan lingkungan. 2) Mengembangkan pengetahuan mikrobiologi dan aplikasinya dalam bidang pertanian tropika, kesehatan, lingkungan, biodiversitas, bioindustri melalui riset hingga menghasil-kan karya inovatif dan teruji. 3) Mengelola riset pada bidang mikrobiologi secara mandiri dan dapat diberi tanggung jawab atas pencapaian hasil kerjanya dengan mengutamakan keselamatan dan keamanan, serta mampu secara efektif mengkomunikasikan ide-ide dan hasil kerjanya dalam berbagai bentuk media yang sesuai keperluannya. "

"mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi dasar di bidang biologi yang mendasari pengelolaan dan pengembangan keanekaragaman hayati dan lingkungan"