Ujian kualifikasi Tulis program doktor adalah sebuah bentuk evaluasi yang wajib bagi mahasiswa program doktor untuk menjamin penguasaan ilmu sebagai seorang kandidat doktor. Kelulusan ujian kualifikasi merupakan prasyarat untuk dapat melanjutkan kegiatan akademik pada program doktor.

Mata kuliah Proposal penelitian ini menuntut mahasiswa menuliskan proposal rencana penelitiannya, yang dilengkapi dengan tinjauan pustaka.

Mata kuliah ini membahas struktur genom mikrob dan aliran informasi genetik, prinsip dasar dalam teknologi DNA rekombinan/kloning secara molekuler, berbagai teknik/strategi dalam kloning molekuler, konstruksi pustaka cDNA, pustaka genom dan metagenom serta dan penapisan pustaka, ekspresi dan overekspresi gen di Escherichia coli, serta berbagai teknik analisis ekspresi gen dan rekombinan protein. Directed mutagenesis dan rekayasa protein, rekayasa genetika di selain E. coli, Agrobacterium sebagai media transfer gen, molecular farming, gene silencing menggunakan RNAs, dan genome editing dengan CRISPR-Cas9 juga akan dibahas dalam kuliah ini.

Mata kuliah ini menjelaskan berbagai aspek biokimia dan genetik yang melandasi keragaman fisiologi, habitat, peranan ekologi, dan bioteknologi dari organisme prokariot.  Pokok bahasan meliputi sistem tranduksi energi, evolusi dan taksonomi prokariot serta berbagai contoh yang mewakili sesuai dengan perkembangan/penemuan yang terbaru dengan pendekatan dari segi biologi molekuler, biokimia dan ekofisiologi.  Mata kuliah ini di lengkapi dengan praktikum yang diperlukan untuk menunjang pemahaman teori yang diberikan.

Memberikan paparan mendalam tentang sejumlah aspek penting dalam ekspresi gen dan pengendaliannya baik pada prokariot maupun eukariot. Pokok bahasan meliputi aspek transkripsi, pasca transkripsi, translasi, dan pasca translasi.  Pada sistem eukariot ditekankan pada aspek omics, khususnya transcriptomics; Epigenetik dan pengaturannya.  Selain itu juga dibahas tentang peran MIkrobiom dalam pengaturan ekspresi gen, khususnya pada manusia. Sekitar 25% dari waktu kuliah digunakan untuk mendiskusikan makalah-makalah terbaru dan trendy yang berhubungan
dengan Ekspresi gen.

Mata kuliah Biologi dan Pengendalian  Bakteri Patogen menyajikan pembahasan mengenai konsep biologi interaksi antara bakteri patogen dan inangnya manusia serta berbagai strategi pengendaliannya.  Materi yang diberikan meliputi biodiversitas, morfologi, fisiologi, mekanisme patogenesis dan peranan berbagai faktor virulensi untuk merusak inangnya, teknik dan rancangan penelitian untuk pengendalian dan deteksi dini.

Pembahasan mencakup lingkup prokariot simbion, fenomena simbiosis dan evolusi, biodiversitas prokariot simbion, peran prokariot sebagai endo simbion, prokariot sebagai prebiotik dan probiotik, keberadaan dan fungsi prokariot pada sarang lebah dan bunga pada suatu ekosistem sebagai suatu model, peran prokariot simbion dalam mencegah potensi patogen masuk.  Diskusi tentang perkembangan riset baru prokariot simbion akan dibahas dan dipresentasikan dilengkapi dengan kegiatan praktikum.

Mata kuliah ini menyajikan materi yang mencakup prinsip dan etika dalam melakukan penelitian dengan menggunakan metode ilmiah, mengelola informasi penting dari sumber-sumber acuan untuk disitasi dan mengelolanya melalui Software Mendeley, penjelasan hak kekayaan intelektual, cara memperoleh informasi kualitas jurnal, teknik penyajian tulisan berdasarkan pedoman pada jurnal yang diinginkan, komunikasi dengan pengelola jurnal dan merespon reviewer, menimba pengalaman menulis di jurnal peringkat tinggi dan penulisan ilmiah popular, mengikuti workshop terkait analisis data/penulisan artikel pada jurnal peringkat tinggi, dan diakhiri mahasiswa presentasi membedah (studi kasus) publikasi bidang mikrobiologi dari jurnal berkualitas.

Mata kuliah ini menjelaskan perkembangan mutakhir  yang sangat dinamis dari  cendawan simbion mutualistik mikoriza dan endofit tumbuhan yang mencakup materi dasar dan aplikasinya. Materi yang diberikan ialah sejarah perkembangan, ragam dan fungsi, fisiologi, ekologi, genetika dan molekuler.  Berbagai aspek cendawan simbion mutualistik mikoriza dan endofit tumbuhan yaitu siklus nutrisi, pupuk hayati, pengendali hayati hama dan penyakit tumbuhan, bioremediasi, teknologi produksi inokulum, ektomikoriza edibel, produksi metabolit sekunder, bahan obat-obatan, dan rekayasa genetikanya serta manfaat dalam bidang pertanian, kehutanan, kesehatan dan lingkungan yang berkelanjutan juga dibahas dalam mata kuliah ini. Diskusi aktif mahasiswa akan menjadi bagian penting dalam penyelenggaran perkuliahan. Mata kuliah ini dilengkapi dengan praktikum untuk menunjang pemahaman teori.

Mata kuliah Rhizobakteri dan Aplikasinya membahas kemampuan mikrob yang mempunyai kemampuan yang  luar biasa untuk diaplikasi dalam bidang pertanian dan industri terkait, misal sebagai penambat N, pelarut P dan K, penghasil zat pemacu pertumbuhan tanaman, penghasil antifungi,penghasil ACC (1-aminocyclopropane-1-carboxylate) deaminase, dan zat aktif lainnya

Seminar rencana penelitian mahasiswa doktoral yang dilakukan sebagai wadah forum diskusi agar
penelitian dapat berjalan dengan baik

Ujian kualifikasi Lisan program doktor adalah sebuah bentuk evaluasi yang wajib bagi mahasiswa program doktor untuk menjamin penguasaan ilmu dan kesiapan melakukan penelitian dan kelayakannya sebagai seorang kandidat doktor. Ujian dilaksanakan di kampus IPB. Kelulusan ujian kualifikasi merupakan prasyarat untuk dapat melanjutkan kegiatan akademik pada program doktor.

Merupakan tugas akhir mahasiswa program doktoral di Departemen Biologi sebagai salah satu syarat kelulusan yang meliputi kegiatan penelitian di dalam laboratorium maupun di lapangan, dan penulisan disertasi.

Ujian tertutup program doktor merupakan salah satu tahap pencapaian gelar setelah mahasiswa melakukan penelitian dan penulisan disertasi. Ujian tertutup program doktor dimaksudkan untuk menilai kemampuan calon Doktor dalam mempertahankan materi yang terdapat dalam disertasi. Penilaian yang dilakukan meliputi kompetensi keilmuan, metodologi, berfikir (abstraksi, nalar, deduktif-induktif, analisis-sintesis), dan kompetensi komunikasi. Mahasiswa yang akan melakukan ujian tertutup harus memenuhi persyaratan akademis maupun administrasi yang telah ditetapkan SPs-IPB.