Mempelajri mengenai fisiologi dan tingkah laku larva ikan, terutama yang terkait
dengan kepentingan akuakultur khusunya pembenihan, seperti perkembangan awal (morfologi, fisiologi dan tingkhlaku), respirasi, bioenergetika, pergerakan,
pemangsaan, pencernaan, sirkulasi, osmoregulasi, ekofisiologi, endokrinologi dan
pigmentasi larva.

Mata kuliah ini menjelaskan industri akuakultur melalui tinjauan secara mendalam aspek sumberdaya alam, sumberdaya manusia, perkembangan teknologi akuakultur, perkembangan kualitas dan pasar produk akuakultur, serta aspek legalitas dan kebijakan dikaitkan dengan pengembangan kapasitas dan atau kawasan akuakultur berbasis industri.

Setelah mengikuti mata kuliah ini, mahasiswa, mahasiswa mampu melakukan pengembangan bisnis dalam kegiatan budidaya ikan

Mata kuliah ini menjelaskan mekanisme dan kontrol poros hipotalamus - hipofisis – gonad pada proses oogenesis, spermatogenesis, vitelogenesis, ovulasi, dan pemijahan/persalinan pada vertebrata akuatik (finfish, amfibia, reptilia dan mamalia air) yang penting bagi akuakultur serta reproduksi vertebrata akuatik secara alamiah dan buatan (induce breeding, induce spawning), sex reversal/alih kelamin, fertilisasi, inkubasi dan penetasan telur, serta manipulasi hormon dan lingkungan untuk produksi benih.

Mata kuliah ini menjelaskan materi genetik dikaitkan dengan konsep keanekaragaman dan pola pewarisannya, prinsip genetika klasik dan populasional sebagai dasar ilmu seleksi ikan, konsep genetika kuantitatif, teori dan metode seleksi untuk ragam genetik ikan, perbaikan kualitas ikan dan produktivitas akuakultur.

Mata kuliah ini menjelaskan tentang aplikasi IPTEKS dan pengembangan IPTEKS hatchery akuakultur (finfish dan shelfish serta makro alga) yang mencakup ilmu dan teknologi disain konstruksi hatchery, wadah/fasilitas, pengembangbiakan buatan (artificial breeding); rekayasa pematangan dan pemijahan induk secara hormonal dan non hormonal, penetasan telur dan pemeliharaan larva, pemeliharaan benih, evaluasi kualitas benih, transportasi benih dan induk; pengelolaan kualitas air, pengelolaan kesehatan benih dan induk; penyediaan pakan alami; IPTEKS rekayasa kualitas benih secara hormonal, lingkungan, kesehatan maupun breeding genetic untuk meningkatkan produksi benih akuakultur berkualitas secara berkelanjutan; serta menjelaskan monev dan strategi pengembangan IPTEKS hatchery akuakultur.

Mata kuliah Bioenergetika Ikan menjelaskan proses aliran energi pakan untuk berbagai proses metabolisme dalam tubuh ikan dari tingkat seluler hingga tingkat produksi, bagaimana implementasinya dalam formulasi pakan serta metode evaluasinya 

Mata kuliah ini membahas berbagai aspek yang terkait dengan teknologi pakan akuakultur mulai dari bahan baku dan proses pre-treatmentnya, berbagai jenis atraktan dan fungsinya, berbagai jenis feed additive dan fungsinya, penentuan formulasi pakan, metode pembuatan pakan hingga evaluasi pakan akuakultur.

Mata kuliah ini membahas tentang perubahan makroskopik dan histologik yang terjadi pada organ dan jaringan, serta signifikasinya pada proses terjadinya penyakit. Mahasiswa diharapkan mampu mendiagnosa, mencegah dan mengobati penyakit pada ikan, penyebaran dan mengendalikan penyakit pada sistem budidaya serta mengobati ikan sakit.

Mata kuliah ini menjelaskan aspek umum tentang imunitas, tingkatan dan sistem imunitas pada ikan dan krustase, mekanisme, faktor yang mempengaruhi, segi praktis dari pengetahuan tentang imunitas, termasuk imunostimulasi dan vaksinasi.

Mata kuliah ini menelaah penerapan kombinasi ekologi dan enginering untuk memecahkan masalah lingkungan Budidaya perairan (BDP) dalam upaya pencapaian usaha budidaya perairan yang berkelanjutan.

Mata kuliah ini menjelaskan dan menganalisis jenis dan karakteristik polutan di lingkungan kawasan dari kegiatan akuakultur dan dari luar ke kawasan akuakultur dan menjelaskan serta merencanakan pengujian toksisitas polutan terhadap berbagai organisme budidaya dan dapat memperkirakan dampaknya terhadap keberlanjutan produksi akuakultur serta dapat memanfaatkannya untuk pengelolaan lingkungan kawasan akuakultur.

Kolokium merupakan suatu media komunikasi ilmiah bagi mahasiswa SPs-IPB untuk mengemukakan substansi dan permasalahan yang akan dijadikan subyek penelitian serta menambah wawasan keilmuan. Kolokium dipimpin oleh ketua program studi atau dosen yang mewakili serta dihadiri oleh mahasiswa dan dosen pembimbing.

Proposal penelitian merupakan konsep usulan penelitian bagi penyelesaian studi tentang kajian atau tugas mandiri yang terdiri atas: Latar Belakang, Rumusan Masalah, Tujuan Penelitian, Kajian Literatur, Metode Penelitian dan Jadwal Penelitian yang merupakan hasil perbaikan setelah kolokium.

Mata kuliah ini ditujukan untuk memberikan landasan tentang statistika yang meliputi metode pengumpulan data, pemodelan dan analisis data, prinsip pendugaan parameter dan pengujian hipotesis satu populasi serta dua populasi. Untuk pengumpulan data ditekankan pada metode percobaan (experiment) dan metode percontohan (sampling), sedangkan untuk analisis ditekankan pada analisis regresi (regresi linear dan regresi logistik), analisis ragam dan pembandingan ganda (multiple comparison) dan tabel kontingensi. Dalam analisis juga dibahas tentang penyimpangan
dari asumsi model linear, baik menyangkut akibat pelanggaran asumsi maupun bagaimana cara
mengatasinya. Metode pembelajaran ditekankan pada learning from data yang diintegrasikan
dengan penggunaan program kemasan statistika (statistical package program).

Publikasi ilmiah nasional adalah publikasi yang ditujukan untuk mempublikasikan hasil penelitian atau karya ilmiah di tingkat nasional. Publikasi ilmiah nasional termasuk Prosiding Seminar (International),  publikasi yang berisi kumpulan makalah atau artikel hasil presentasi di seminar (International, terindex Scopus). Prosiding seminar (Internmational) sering kali diterbitkan dalam bentuk buku atau jurnal untuk menyebarluaskan hasil penelitian yang disajikan di seminar tersebut.

Publikasi ilmiah internasional ditujukan untuk penyebarluasan hasil penelitian ilmiah orisinal dari bagian disertasi tugas akhir mahasiswa program doktor untuk memberikan informasi kepada kalangan akademisi atau para ahli di bidangnya. Publikasi dilakukan pada berkala ilmiah internasional bereputasi atau terindeks global.

Ujian tesis merupakan bagian dari tugas akhir mahasiswa program magister sebagai forum mahasiswa untuk mempresentasikan serta mempertahankan hasil penelitiannya di hadapan Komisi Penguji yang terdiri dari Komisi Pembimbing, Penguji Luar Komisi dan Ketua Program Studi atau yang mewakili, dilakukan setelah mahasiswa melakukan seminar dan publikasi hasil penelitiannya.

Mahasiswa program magister diwajibkan membuat karya ilmiah dari hasil penelitian atau tesis pada akhir masa studi. Format tesis mengacu pada buku Pedoman Penulisan Karya Ilmiah Institut Pertanian Bogor. Ujian tesis merupakan bagian dari tugas akhir mahasiswa program magister sebagai forum mahasiswa untuk mempresentasikan serta mempertahankan hasil penelitiannya di hadapan Komisi Penguji yang terdiri dari Komisi Pembimbing, Penguji Luar Komisi dan Ketua Program Studi atau yang mewakili, dilakukan setelah mahasiswa melakukan seminar dan publikasi hasil penelitiannya.