Biokimia
Program Studi (PS) S2 Biokimia merupakan salah satu program studi yang diselenggarakan oleh Departemen Biokimia, Institut Pertanian Bogor. Rumusan visi dan misi disusun dengan memperhatikan beberapa faktor, yaitu visi dan misi institusi (Sekolah Pascasarjana dan IPB), visi misi world class university, dan perkembangan kebutuhan masyarakat serta stakeholders lainnya. PS S2 Biokimia memiliki status akreditasi A.
Visi
Menjadi institusi penyelenggara pendidikan tinggi yang unggul dan terdepan dalam pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat yang mampu berkontribusi dalam pengembangan keilmuan dan teknologi Biokimia di tingkat nasional dan internasional untuk mendorong dan memperkokoh martabat bangsa
Misi
1. Menyelenggarakan pendidikan dan pengajaran yang berkualitas dalam mempersiapkan insan terdidik yang unggul dan professional dalam mengembangkan keilmuan dan teknologi Biokimia yang sesuai dengan perkembangan keilmuan dan kebutuhan masyarakat baik di tingkat nasional maupun internasional;
2. Melakukan kegiatan penelitian untuk mengembangkan dan menghasilkan inovasi IPTEK yang dapat memberikan kontribusi kepada masyarakat dalam memanfaatkan, mengaplikasikan dan mengembangkan ilmu dan teknologi biokimia untuk kemajuan bangsa;
3. Melaksanakan diseminasi hasil inovasi IPTEK melalui kegiatan pengabdian kepada masyarakat sebagai upaya untuk pencerahan, kemaslahatan dan peningkatan kualitas kehidupan secara berkelanjutan;
1. Mampu mengevaluasi diri, mengelola pembelajaran diri sendiri, bekerjasama dalam tim, bertanggung jawab, dan beretika
2. Mampu mengelola kelompok kerja/penelitian atau pembelajaran secara bertanggung jawab
3. Mampu menjelaskan secara komprehensif konsep-konsep biokimia, termasuk struktur dan karakteristik molekuler, aspek energetika, dinamika, serta proses sintesis biomolekul
4. Mampu menerapkan pengetahuan tentang metode dan instrumentasi pengukuran yang efektif untuk menganalisis materi biologis dan kimiawi, termasuk perancangan metode analisis serta pengolahan dan interpretasi data
5. Mampu mengomunikasikan konsep, ide, analisis, dan argumen secara efektif dan hasil percobaan laboratorium atau biokimia komputasi secara lisan dalam forum nasional dan/atau internasional dan secara tertulis pada jurnal ilmiah yang nasional terakreditasi atau internasional
6. Mampu secara rasional merumuskan solusi atas permasalahan biokimia melalui pendekatan interdisipliner atau multidisipliner, menerapkan metode yang sesuai untuk memperoleh solusi atau alternatif solusi, menguji validitas solusi, serta menafsirkan hasilnya secara kritis
7. Mampu merancang, memilih, dan memformulasikan metode pengukuran yang efektif dengan pendekatan ilmiah serta aplikasi teknologi biokimia yang relevan, dan menerapkannya untuk memperoleh informasi biokimia guna pendalaman atau perluasan keilmuan biokimia.
8. Mampu menggunakan alat penelusuran pustaka modern untuk menemukan informasi terkini di bidang biokimia serta mengembangkan langkah-langkah strategis dalam penyelesaian masalah di bidang ilmu pengetahuan, teknologi, dan seni (IPTEKS).
Mengembangkan ilmu dasar, konsep dan metode dalam bidang biokimia.
Kedalaman pemahaman ilmu/teknologi Biokimia dan Biologi Molekuler dalam menjawab tantangan dalam bidang: Pertanian, Lingkungan, Kesehatan, Bioindustri, Bioenergi, Teknologi Futuristik Biomimetik
Asisten Peneliti, Guru/Akademisi, Teknisi, Analis, Pranata Laboratorium, Wirausaha, Konsultan
Struktur Kurikulum
Deskripsi:
BIK1501 adalah kode mata kuliah untuk mata kuliah Metodologi Penelitian Biokimia. Mata kuliah ini membahas dasar-dasar penelitian dalam bidang biokimia, termasuk desain penelitian, metode pengumpulan data, analisis data, dan penulisan laporan penelitian.
Deskripsi:
Deskripsi belum tersedia.Deskripsi:
Matakuliah ini membahas terjadinya penyakit keturunan secara biokimiawi dan
genetika, mempelajari Therapeutic Drug monitoring (TDM) and toxicology, Clinical
Endocrinology, Cardiovascular, Liver disease, Gastroenterology disease, Clinical
chemistry of the kidney and related disorder, Clinical chemistr of pregnancy and
lactation.
Deskripsi:
Perkuliahan mengenai aspek-aspek penting dan terkini tentang seluk beluk enzim
mulai dari penggolongan, struktur, mekanisme kerja, hingga aplikasi enzim dalam
berbagai bidang kegiatan.
Deskripsi:
Biokimia komparatif mempelajari perbedaan jalur metabolisme biomolekul
(karbohidrat, lipid, protein, asam nukleat, vitamin dan mineral) baik anabolisme
maupun katabolisme pada sel hidup yaitu, hewan dan manusia, tumbuhan, serta
mikroba.
Deskripsi:
Mata kuliah Bioinformatika Molekuler membahas prinsip dan penerapan teknologi
informatika dalam pengumpulan, penyimpanan, distribusi dan analisis sekuen
nukleotida dan sekuen protein. Kemajuan pesat dalam teknik sekuensing telah
menghasilkan data sekuen nukleotida maupun sekuen protein dalam jumlah besar sehingga bioinformatika sangat diperlukan dalam pengelolaannya. Bahasan
mencakup prinsip dan aplikasi: bank data, perbandingan sekuen dan fungsi
molekul, perancangan probe dan primer, penelusuran homologi, penelusuran
domain dan analisis fungsinya, mutasi, dan prediksi basis molekuler kelainan fungsi
suatu molekul dan kaitannya dengan suatu penyakit. Selain itu juga dibahas prinsip
dan aplikasi analisis genomik yang melibatkan analisis komparatif genom total
suatu organisme atau virus. Prinsip analisis metagenom dan aplikasinya dalam
studi keragaman dan evolusi hayati juga dibahas. Selanjutnya bahasan juga
mencakup prediksi struktur molekul dan interaksinya dengan molekul lain.
Selanjutnya bahasan juga mencakup pemodelan struktur molekul (contoh protein)
dan interaksinya dengan molekul lain menggunakan program pemodelan dan
visualisasi (contoh YASARA).
Deskripsi:
Deskripsi belum tersedia.Deskripsi:
Mata kuliah ini memperalajari tentang peptida dan protein yang digunakan
sebagai agen terapi (obat, diagnostik, dan kosmetik), mekanisme kerjanya dan
aplikasinya, serta peran biokimia dalam pengembangan dan produksinya. Materi
mencakup peptida/protein terapeutik dari berbagai klasifikasi, yaitu hormon
peptida, enzim, interferon, human growth factor, antibodi monoclonal, vaksin
protein, protein diagnostik, serta peptida dan protein untuk kosmetik. Selain itu,
dipelajari topik yang terkait dengan tantangan dan pengembangan
peptida/protein terapeutik meliputi rekayasa protein, proteomik, peptidomimetik,
dan biosimilar.
Deskripsi:
Biokimia dan Toksikologi Lingkungan mempelajari keterkaitan ilmu Biokimia
dengan Toksikologi yaitu meliputi, metode biokimia dan molekuler pada toksikologi,
klasifikasi toksikan, dan kerja tokiskan dalam tubuh; serta mempelajari keterkaitan
ilmu Biokimia dengan Toksikologi Lingkungan, yaitu meliputi proses degradasi, eliminasi, bioakumulasi, dan toksisitas serta proses transformasi toksikan di
lingkungan.
Deskripsi:
Setelah mengikuti kuliah ini peserta didik dapat menuliskan diagram, menyelesaikan soal dan mempresentasikan molecular even, langkah-langkah strategi, pilihan metoda, menyimpulkan/menghitung hasil dan mendemonstrasikan/ mempresentasikan : strategi (gene augmentation, gene replacement, specific inhibition of gene expression, targeted cell death); target (germ line, somatic cell); metoda delivery (in vivo, ex vivo, in situ); vektor (viral, non viral, naked compound) terkait aplikasi terapi gen pada berbagai penyakit kelainan genetik (CVD, CF/CFTR, SCID, b-thalasemia, Haemophily, Parkinson, HIV, cancer dan perkembangan terbaru)
Deskripsi:
Mata kuliah ini membahas keragaman metabolisme mikrob (microbial metabolic diversity), biosintesis, dan rekayasa metabolisme mikrob untuk menghasilkan produk yang bermanfaat untuk tujuan medis, pertanian, industri, dan pelestarian lingkungan. Bahasan mencakup rekayasa dan pemanfaatan mikrob (termasuk virus) untuk pembuatan produk biofarmasi rekombinan (obat, vaksin), biopestisida, enzim, metabolit, strain baru, dan lainnya. Selain itu juga dibahas prinsip pengkulturan mikroba dalam kondisi terkendali (fermentasi) dan prinsip pengoperasian bioreaktor.
Deskripsi:
Deskripsi belum tersedia.Deskripsi:
Mata kuliah ini ditujukan untuk memberikan landasan tentang statistika yang berguna dalam
penelitian di bidang pertanian dan biologi. Materi meliputi metode pengumpulan data, pemodelan
dan analisis data, prinsip pendugaan parameter dan pengujian hipotesis satu populasi serta dua
populasi. Untuk pengumpulan data ditekankan pada metode percobaan (experiment), khususnya
percobaan dalam bidang pertanian dan biologi seperti petak terpisah (split-plot), bujursangkar Latin
(Latin squares) serta pindah silang (cross-over). Dalam hal pemodelan, materi utama yang diberikan
adalah analisis regresi dan analisis ragam untuk pemodelan yang melibatkan peubah respon
kontinu, serta tabel kontingensi dan analisis regresi logistik untuk pemodelan data yang melibatkan
peubah respon kategorik. Metode pembelajaran ditekankan pada learning from data yang
diintegrasikan dengan penggunaan program kemasan statistika (statistical package program).
Deskripsi:
Pemahaman tentang sel tumbuhan, struktur dan fungsinya; regulasi aktivitas enzim dalam metabolism dan aspek metabolism khusus yang berlangsung di dalam tumbuhan; biosintetis karbohidrat, lipid, protein, dan asam nukleat serta keterlibatan mineral dalam metabolism tersebut; reduksi sulfat, fiksasi nitrogen, bio sintetis hormon tumbuhan dan senyawa lain yang berperan dalam proses hayati tumbuhan
Deskripsi:
sehingga bioinformatika sangat diperlukan dalam pengelolaannya. Bahasan mencakup prinsip dan aplikasi: bank data, perbandingan sekuen dan fungsi molekul, perancangan probe dan primer, penelusuran homologi, penelusuran domain dan analisis fungsinya, mutasi, dan prediksi basis molekuler kelainan fungsi suatu molekul dan kaitannya dengan suatu penyakit. Selain itu juga dibahas prinsip dan aplikasi analisis genomik yang melibatkan analisis komparatif genom total suatu organisme atau virus. Prinsip analisis metagenom dan aplikasinya dalam studi keragaman dan evolusi hayati juga dibahas. Selanjutnya bahasan juga mencakup prediksi struktur molekul dan interaksinya dengan molekul lain. Selanjutnya bahasan juga mencakup pemodelan struktur molekul (contoh protein) dan interaksinya dengan molekul lain menggunakan program pemodelan dan visualisasi (contoh YASARA).
Deskripsi:
Aplikasi Biofarmaka untuk Kesehatan mempelajari tentang berbagai potensi senyawa biofarmaka untuk penanggulangan masalah kesehatan. Pembahasan meliputi aspek mekanisme/etiologi beberapa penyakit degeneratif /noninfeksius penting untuk pengembangan produk (antikolesterol, antidiabetes, anti-asam urat, hepatoprotektor, imunomodulator, anti-pigmentasi, dan anti-dementia) & dan bioasai pendukung (in vitro/in vivo). Pembahasan untuk beberapa penyakit infeksius penting (HIV, malaria, tuberkulosis, diare, demam berdarah) dan asai pendukungnya.
Deskripsi:
Mata kuliah ini membahas metoda, teknologi informasi dan analisis berbasis asam nukleat, seperti pustaka genom dan cDNA, sintesis cDNA, pemetaan DNA (peta restriksi, finger printing, filogenetik, keragaman genetik, foot printing), bloting, hibridisasi, labeling, PCR, sintesis oligonukleatida, sekuensing DNA, site-directed mutagenesis, dan aplikasi teknologi berbasis asam nukleat pada industri, kesehatan dan pertanian.
Deskripsi:
Matakuliah ini membahas bagaimana suatu protein (struktur protein) dapat berperankan berbagai fungsi dalam system makhluk hidup. Fungsi protein sebagai enzim, protein structural; Organisasi struktur protein yang terdiri atas struktur primer (asam amino, ikatan peptide, informasi genetika dari DNA ke Protein); Struktur sekunder (interaksi intermolekul melalui rantai samping asam amino, ikatan yang membentuk struktur seperti ikatan hydrogen antar rantai samping yang membentuk pola tertentu, orientasi ikatan hidrogen, diagram ramachandran, visualisasi struktur sekunder); Struktur tersier (interaksi intra molekuler: ikatan hydrogen, ikatan ion, van der waals, hidrofobik, konformasi protein, domain, motif, protein globular, protein serat, protein membrane); Struktur kwarterner (interaksi intermolekul antar sub unit protein); Penentuan struktur protein berdasarkan analisis kristalografi sinar-X dan teknik resonansi magnetik inti (NMR); Prediksi struktur protein (pemodelan protein komparatif); Aplikasi dalam rekayasa protein.
Deskripsi:
Mata kuliah Biokimia Genom membahas studi mengenai genom secara umum untuk memproses informasi yang masif mengenai fungsi biokimia yang tersimpan dalam urutan basa nukelotida DNA. Melalui studi genom, gen - gen yang bertanggung jawab terhadap respon makhluk hidup pada suatu kondisi lingkungan dapat dipelajari dan dimanfaatkan. Pemberdayaan data yang terkandung dalam suatu genom dapat dilakukan melalui teknik sequencing seperti Next-Generation Sequencing (NGS) dan dianalisis bioinformatika untuk menghasilkan suatu informasi yang komprehensif. Melalui studi asosiasi genom secara luas (Genome Wide Association Study), evolusi genom dapat dipelajari dan sifat-sifat yang terhubung pada suatu karakteristik (contohnya penyakit) dapat diidentifikasi dan dikaitkan dengan proses metabolisme yang terjadi. Mata kuliah ini juga membahas studi terkait genom, yaitu metagenome dan (meta-) transcriptome.
Deskripsi:
Mata kuliah ini mempelajari optimasi aplikasi instrumen yang digunakan dalam analisis metabolit sekunder, termasuk teknik kromatografi (HPLC, GC, LCMS, GCMS, dan FPC). spektrofotometri (spektrofotometer UV-Vis, infra merah, spektrofotometer nano, ELISA, microplate reader, dan microarray), mikroskopi (visibel dan fluoresensi), dan radioisotop (isotop labelling dan X ray fluoresens)
Deskripsi:
Mata kuliah ini membahas berbagai aspek yang terkait mekanisme patogenesis aterosklerosis yang meliputi; kajian aterosklerosis pada manusia (resiko dan epidemiologi) dengan pendekatan penelitian (hewan model), hemeostatis lipid darah, lipoprotein, diet, faktor perilaku, metabolisme dinding arteri, trombosis, dan mekanisme koagulasi darah, faktor genetik, dan bukti ilmiah untuk terapinya.
Deskripsi:
Kegiatan ini merupakan tugas rutin mahasiswa program magister. Kolokium berkaitan dengan tesis, dibahas di muka kelas dan dapat diambil lebih dari satu kali dengan maksimum SKS sama dengan 1.
Deskripsi:
Proposal penelitian ini merupakan output dari penyusunan proposal penelitian yang akan dilakukan untuk memenuhi persyaratan tugas akhir.
Deskripsi:
Deskripsi belum tersedia.Deskripsi:
Publikasi ilmiah nasional adalah publikasi yang ditujukan untuk mempublikasikan hasil penelitian atau karya ilmiah di tingkat nasional. Publikasi ilmiah nasional termasuk Prosiding Seminar (International), publikasi yang berisi kumpulan makalah atau artikel hasil presentasi di seminar (International, terindex Scopus). Prosiding seminar (Internmational) sering kali diterbitkan dalam bentuk buku atau jurnal untuk menyebarluaskan hasil penelitian yang disajikan di seminar tersebut.
Deskripsi:
Publikasi ilmiah internasional ditujukan untuk penyebarluasan hasil penelitian ilmiah orisinal dari bagian disertasi tugas akhir mahasiswa program doktor untuk memberikan informasi kepada kalangan akademisi atau para ahli di bidangnya. Publikasi dilakukan pada berkala ilmiah internasional bereputasi atau terindeks global.
Deskripsi:
Ujian Tesis ini merupakan ujian terhadap mahasiswa PS Magister untuk menguji secara komprehensif pengetahuan dan penguasaan terhadap tesis yang telah disusun dalam ilmu-ilmu Biokimia yang telah diperoleh selama mengikuti studi di PS Magister bidang Biokimia.
Deskripsi:
Melaksanakan dan melaporkan hasil penelitian sebagai tugas akhir.