Mata kuliah Proposal penelitian ini menuntut mahasiswa menuliskan proposal rencana penelitiannya, yang dilengkapi dengan tinjauan pustaka

Mata kuliah ini membahas berbagai metode penelitian ekologi tumbuhan, meliputi konsep analisis vegetasi, keterkaitan faktor lingkungan dan vegetasi, kompetisi dan distribusi tumbuhan, dinamika populasi tumbuhan. model arsitektur pohon dan profil vegetasi, autekologi, alelopati, bioprospek, potensi cadangan biji, potensi serapan dan pendugaan cadangan karbon, dan tumbuhan asing invasif.

Mata kuliah ini membahas seluk beluk tentang teori, hukum, praktek penamaan, pencirian, dan penggolongan tumbuhan; bukti-bukti taksonomi, sejarah dan perkembangan pendekatan sistem klasifikasi tumbuhan

Mata kuliah ini membahas tentang klasifikasi dalam praktek pertanian, filosofi klasifikasi di dalam tanaman budidaya, peninjauan kembali konsep jenis dalam membangun hubungan biosistematik antara tumbuhan budidaya, gulma dan liar, mengkombinasikan klasifikasi botani berdasarkan penelitian biosistematik, klasifikasi tanaman budidaya yang tegas, variasi dalam individu dan populasi, variasi geografi, variasi kromosom, mekanisme isolasi, spesiasi, peran hibridisasi dan evolusi dalam taksonomi.

Kuliah Fisiologi Perkembangan Tumbuhan mengajarkan tentang aspek-aspek penting dalam pertumbuhan, diferensiasi serta perkembangan, mulai dari tingkat sel sampai tingkat tumbuhan utuh secara lebih dalam. Dijelaskan pula tentang adanya kompetensi dan determinasi yang menentukan pola diferensiasi sel punca. Fisiologi hormon tumbuhan, sistem penangkapan isyarat lingkungan pada tumbuhan yang berperan dalam proses pertumbuhan dan perkembangan, peran berbagai ZPT dalam pertanian. Materi dilanjutkan dengan pola perkembangan embrio, fase vegetatif, dan fase reproduktif hingga senesensi. Berbagai fenomena internal yang terjadi, termasuk ke tingkat ekspresi gen terkait, dan faktor lingkungan yang mempengaruhi.

Mata kuliah ini membahas teknik aseptik, kultur sel dan jaringan tanaman, konsep totipotensi-pluripotensi, de-diferensiasi dan re-diferensiasi, embriogenesis somatik, organogenesis; kejadian variasi somaklonal dan variasi yang diinduksi dengan dasar selular dan genetiknya; metabolisme sekunder di dalam sel yang dikulturkan; kultur haploid serta beberapa teknik kultur untuk mendukung upaya perbaikan genetik tanaman. Kuliah dan praktikum menjelaskan berbagai fenomena biologis yang terjadi dalam kultur in vitro.

Mata kuliah ini menyajikan materi yang meliputi peranan gen dalam kehidupan, sejarah penemuan bahan genetik, bahan genetik yang terdapat di dalam inti sel dan bahan genetik di dalam organel, struktur genom, proses replikasi DNA, proses ekspresi gen yang meliputi proses transkripsi dan translasi, faktor dominan yang menimbulkan keragaman (rekombinasi dan mutasi), serta regulasi sintesis protein pada organisme prokaryot, virus, dan organisme eukaryot.

Matakuliah ini meliputi berbagai metode pembuatan preparat tumbuhan, dan analisisnya menggunakan mikroskop cahaya, mikroskop elektron SEM dan TEM, serta mikroskop fluoresen. Selain itu juga diperkenalkan uji histokimia dan fluoresens insitu hibridisasi (FISH).

Mata kuliah ini menyajikan materi yang mencakup ulasan mengenai sifat dan ciri utama ekosistem tropis, silvigenesis dan derajat sklerofili, pembandingan di dalam dan antar daerah tropis, faktor dan sifat tanah hutan tropis serta ciri-ciri biologis. Studi dan kasus perkembangan tropis teoritis alamiah dan realitasnya pada saat ini.

Mata kuliah ini membahas latar belakang bio konservasi, pengertian konservasi secara umum, konservasi tumbuhan dan teori teori atau prinsip dasar konservasi (safe it; use it dan study it), Membahas interaksi antara ilmu ekologi, keanekaragaman hayati (biodiversity) dan geologi, teori pulau biogeografi. Penyebab kerusakan suatu ekosistem (fragmentasi habitat, kegiatan antropogenik), kerentanan spesies terhadap kepunahan. Kategori konservasi untuk spesies (punah di alam, kritis, genting, rentan, resiko relatif rendah tergantung kepada upaya konservasi/TUK). Tipe-tipe kawasan konservasi (cagar alam, taman nasional, kebun raya, taman safari, taman hutan raya).

Mata kuliah dilakukan dalam bentuk praktikum di laboratorium dan di lapangan  menggunakan beberapa metode untuk mengkaji permasalahan ekologi.  Mahasiswa bekerja secara kelompok dalam rencana kegiatan yang sudah tersusun dalam satu semester, mempelajari berbagai metode pengambilan data sesuai permasalahan ekologi, melakukan analisis data dan mensintesis hasilnya dan menuliskannya dalam bentuk paper ilmiah yang dipublikasikan.

Mata kuliah ini menekankan pada praktikum sistematika tumbuhan mulai dari pengamatan struktur tumbuhan, penggunaan peralatan di lapangan, pengumpulan data, analisis, dan sistesis data sampai penyajian hasil penelitian dalam suatu tulisan karya ilmiah

Mata kuliah ini mencakup pelbagai prosedur penelitian sistematika tumbuhan, meliputi metode pengambilan dan dokumentasi koleksi tumbuhan, metode pengenalan spesies (menggunakan literature dan spesimen herbarium), dan metode pengambilan dan analisis data (morfologi, anatomi, molekular), serta sumber-sumber informasi dan literatur penting dalam sistematika tumbuhan

Mata kuliah ini diberikan terintegrasi dengan mata kuliah Praktikum Sistematika Tumbuhan yang ditekankan pada praktik pengumpulan, analisis, dan penyajian data; serta teritegrasi dengan mata kuliah Azas-azas Taksonomi Tumbuhan yang memberikan landasan teori dan perkembangan bidang taksonomi dan sistematika tumbuhan

Mata kuliah ini membahas seni pengelolaan lingkungan hidup dengan  fokus pada pendalaman  perilaku manusia baik secara individu  maupun kelompok sosial dalam mengatur lingkungan terutama yang terkait dengan pemanfaatan sumber daya hayati tumbuhan.  Topik yang dipelajari  meliputi teori dan filosofi etnobotani yang meliputi etnoscience, etnoekologi,  etnobiologi,  ekologi manusia, etnomedine, etnofarmakologi, botani ekonomi, dan geografi tumbuhan.; metodologi penelitian etnobotani; sejarah budidaya tanaman tropika di Indonesia; domestikasi tanaman budidaya, pengelolaan plasma nutfah dalam perspektif masyarakat tradisional; pengembangan bioprospekting; ekologi lanskap masyarakat tradisional; pengenalan tumbuhan dan tanaman penting dalam kehidupan masyarakat perkotaan dan pedesaan; ekologi pekarangan dan praktek agroekologi di pedesaan; dan klasifikasi tradisional dalam etnobotani dan etnoekologi. 

Mata kuliah ini merupakan praktikum di laboratorium yang mengkaji berbagai aspek biologi sel dan fisiologi tumbuhan secara terintegrasi dari mulai metabolisme, fisiologi, ekofisiologi, serta pertumbuhan dan perkembangan tumbuhan. Mahasiswa akan mengerjakan suatu proyek penelitian kecil yang harus dikerjakan selama satu semester. Pada akhir perkuliahan mahasiswa harus membuat laporan dan mempresentasikan hasil penelitian kecil tersebut di kelas. Selain itu mahasiswa juga ditugaskan untuk menyusun paper secara mandiri sesuai dengan topik penelitiannya.  Kemampuan menulis dengan baik dan benar sangat diperlukan dalam kuliah ini

Mata kuliah ini menyajikan materi tentang mekanisme fisiologi tumbuhan yang meliputi pertumbuhan, reproduksi, keberhasilan hidup, kelimpahan dan distribusi geografis yang dipengaruhi oleh faktor ekologi atau lingkungan (interaksi tumbuhan dengan faktor fisik, kimia, dan lingkungan biotik).

Mata kuliah ini merupakan praktikum di laboratorium yang mengkaji berbagai aspek genetika dan biologi molekuler tumbuhan secara terintegrasi dari mulai genetika klasik sampai genetika modern dengan memanfaatkan teknik-teknik biologi molekuler pada tumbuhan. Mahasiswa akan mengerjakan suatu proyek penelitian kecil yang harus dikerjakan selama satu semester. Pada akhir perkuliahan mahasiswa harus membuat laporan dan mempresentasikan hasil penelitian kecil tersebut di kelas. Kemampuan menulis dengan baik dan benar sangat diperlukan dalam kuliah ini.

Matakuliah ini menjelaskan tentang rekayasa genetika tumbuhan untuk perbaikan genetik tanaman dan penerapannya pada bidang pertanian dengan penekanan pada pengetahuan tentang teknologi DNA rekombinan pada tanaman. Materi yang diberikan mulai dari dasar-dasar teknologi DNA rekombinan meliputi prinsip dasar kloning pada eukariot, pemilihan vektor, enzim restriksi, pembuatan pustaka cDNA, pustaka genom, teknik-teknik dasar bio meliputi PCR, Microarray, analisis hibridisasi. Di samping itu juga diberikan teknik dasar rekayasa genetika tanaman dengan menggunakan Agrobacterium tumefaciens, produksi protein heterologus, penggunaan dan pemanfaataan marka molekular untuk perbaikan genetik, teknik untuk pembumkaman gen (RNAi dan antisense), functional genomic (transposon tagging), serta update status tanaman hasil rekayasa di dunia.

Mata kuliah ini membahas struktur dan ekspresi genom, teknik manipulasi DNA, isolasi DNA dan RNA, teknik pengklonan gen, pustaka genom, analisis genetik dan fisik genom virus dan bakteri, pemetaan genom eukariot, analisis rekombinasi dan analisis molekuler, analisis genetik populasi, struktur, kesetimbangan dan keragaman populasi, analisis jarak dan kemiripan antar populasi, analisis genetik kuantitatif dan populasi, sifat monogen dan poligen, keragaman gentik dan lingkungan, heterosis dan kemajuan seleksi.

Mata Kuliah Fisiologi Molekular Tumbuhan merupakan mata kuliah peminatan (in-depth course) bagi mahasiswa magister Biologi Tumbuhan atau dapat menjadi EC bagi mahasiswa magister atau doktor di luar program studi Biologi Tumbuhan.  Mata kuliah Fisiologi Molekular Tumbuhan termasuk mata kuliah advanced yang akan membahas dasar molekular dari aspek-aspek fisiologi tumbuhan yang mencakup mekanisme transpor air di dalam tumbuhan, pengambilan unsur hara, fotosintesis, respirasi dan fotorespirasi, transduksi signal pada respon tumbuhan terhadap hormon, cahaya, cekaman biotik dan abiotik, induksi dan proses pembungaan, serta senesen dan kematian sel terprogram. Perkuliahan akan disampaikan baik melalui tatap muka maupun daring, diskusi, penugasan, dan presentasi mahasiswa.

Mata Kuliah Fisiologi Molekuler Tumbuhan merupakan mata kuliah peminatan (in-depth course) bagi mahasiswa magister Biologi Tumbuhan atau dapat menjadi EC bagi mahasiswa magister atau doktor di luar program studi Biologi Tumbuhan.  Mata kuliah Fisiologi Molekuler Tumbuhan termasuk mata kuliah advanced yang akan membahas dasar molekuler dari aspek-aspek fisiologi tumbuhan yang mencakup mekanisme transpor air di dalam tumbuhan, pengambilan unsur hara, fotosintesis, respirasi dan fotorespirasi, transduksi signal pada respon tumbuhan terhadap hormon, cahaya, cekaman biotik dan abiotik, induksi dan proses pembungaan, serta senesen dan kematian sel terprogram. Perkuliahan akan disampaikan baik melalui tatap muka maupun daring, diskusi, penugasan, dan presentasi mahasiswa.

Mempelajari model spesiasi morfogenetik untuk mendeskripsi ukuran dan bentuk organisme dan teori pertumbuhan. Evolusi sifat-sifat hayati arsitektur tubuh dan pertumbuhan. Interferensi untuk mendapatkan bentuk-bentuk nenek moyang.

Mata kuliah ini ditujukan untuk memberikan landasan tentang statistika yang meliputi metode pengumpulan data, pemodelan dan analisis data, prinsip pendugaan parameter dan pengujian hipotesis satu populasi serta dua populasi. Untuk pengumpulan data ditekankan pada metode percobaan (experiment) dan metode percontohan (sampling), sedangkan untuk analisis ditekankan pada analisis regresi (regresi linear dan regresi logistik), analisis ragam dan pembandingan ganda (multiple comparison) dan tabel kontingensi. Dalam analisis juga dibahas tentang penyimpangan
dari asumsi model linear, baik menyangkut akibat pelanggaran asumsi maupun bagaimana cara
mengatasinya. Metode pembelajaran ditekankan pada learning from data yang diintegrasikan
dengan penggunaan program kemasan statistika (statistical package program).

Publikasi ilmiah internasional ditujukan untuk penyebarluasan hasil penelitian ilmiah orisinal dari bagian disertasi tugas akhir mahasiswa program doktor untuk memberikan informasi kepada kalangan akademisi atau para ahli di bidangnya. Publikasi dilakukan pada berkala ilmiah internasional bereputasi atau terindeks global.

Merupakan tugas akhir mahasiswa program magister di Departemen Biologi sebagai salah satu syarat kelulusan yang meliputi kegiatan penelitian di dalam laboratorium maupun di lapangan, dan penulisan tesis

Ujian tesis atau ujian akhir program magister merupakan evaluasi tahap akhir setelah mahasiswa program magister melakukan kegiatan penelitian, penulisan tesis, dan seminar. Ujian tesis ini dimaksudkan untuk menilai kemampuan mahasiswa program magister dalam mempertahankan materi yang terdapat dalam tesis dan merupakan uji kualifikasi/kemampuan penentu untuk memperoleh gelar. Lingkup ujian tesis meliputi draft tesis dan pengetahuan komprehensif mahasiswa yang berkaitan dengan kompetensi [keilmuan dan metodologi], berfikir [analisis, sintesis], komunikasi dan solusi yang berkaitan langsung dan tidak langsung dengan tesis. Mahasiswa program magister yang akan melakukan ujian akhir harus harus memenuhi persyaratan akademis maupun administrasi yang telah ditetapkan SPs-IPB